超聲內鏡檢查多在消化科、胃腸外科、肝膽外科等科室進行，但不同醫院內科室設置存在區別，包括內科、外科、肛腸科、急診科、腫瘤科等，建議咨詢相關醫院確定科室后再進行檢查。

1、消化科：主要進行胃鏡、腸鏡等內鏡檢查，可以觀察到食管、胃、腸等消化道有無病變，有無炎癥、糜爛等情況。還可以進行超聲內鏡引導下的病理活檢、超聲介入治療等，可以較為清晰地顯示病變部位、病理形態變化等;

2、胃腸外科：主要進行手術治療，例如胃息肉切除術、胃癌根治術、結腸癌根治術等，可以較為直觀地切除病變部位;

3、肝膽外科：肝膽外科主要進行手術治療，例如肝囊腫、肝癌、膽囊結石、肝硬化等疾病的外科治療，可以較為直觀地觀察病變部位。

此外，超聲內鏡技術還可應用于食管、肛門等部位，可以較為清晰地顯示病變部位，而且對患者身體損傷較小。部分醫院還有肛腸科，主要進行肛腸疾病的診斷和治療，例如痔瘡、肛裂、肛周膿腫、肛瘺等。

超聲內鏡檢查前需要提前做好準備，包括飲食調理、大小便準備等，而且檢查時需要保持空腹狀態，以免進食影響檢查結果或者誘發嘔吐等不適癥狀。