超聲內鏡是將內鏡探頭置入消化道內，通過超聲成像技術觀察消化道內病變的一種檢查手段。可檢查的內臟器官有食管、胃、十二指腸、肝臟、膽囊、胰腺、脾臟、腸道、腎臟等。

1、食管：可通過超聲內鏡明確食管壁的厚度、是否有增生、狹窄、梗阻、膨出或異物等;

2、胃：可以檢查出胃的炎癥和潰瘍，判斷有無幽門螺桿菌感染，也可以輔助診斷胃癌等疾病;

3、十二指腸：可以檢查十二指腸壁有無增厚、有無潰瘍、腫瘤、出血、穿孔等情況，幫助診斷胃潰瘍、十二指腸球部潰瘍，以及十二指腸的癌癥病變;

4、肝臟：可以檢查肝臟的大小形態，有無脂肪肝、肝癌、肝膿腫等，還可以輔助診斷肝硬化、原發性肝癌等疾病;

5、膽囊：可以檢查膽囊壁有無炎癥、息肉、結石、囊腫或腫瘤等，還可以輔助診斷膽囊結石、膽囊炎等疾病;

6、胰腺：可檢查胰腺的形態有無增厚、有無腫瘤，胰腺炎癥和腫瘤也是常見的消化系統疾病;

7、脾臟：脾臟的大小形態，有無腫大、炎癥或腫瘤等，可輔助診斷脾血管瘤、脾淋巴瘤等疾病;

8、腸道：超聲內鏡可觀察腸道有無增生、息肉、腫瘤等病變;

9、腎臟：可以檢查腎臟血管情況，有無囊腫或腫瘤等，還可以輔助診斷腎結石等疾病。

除此之外，超聲內鏡也可用于對不明原因的腫塊進行檢查，如膽囊結石、胰腺假性囊腫、胰腺膿腫等疾病。

超聲內鏡在臨床中還可以用于檢查肛門直腸疾病，如痔瘡、肛瘺、肛周膿腫等。由于超聲內鏡屬于無創檢查，所以在出現消化道癥狀時，患者可根據醫生建議進行檢查。