肛門超聲通常不能檢查直腸，因為肛門超聲主要針對于肛門周圍的病變，而不能檢查直腸。對于直腸的檢查，通常需要經直腸指診以及電子結腸鏡等。直腸位于腸道的末端，通過肛門超聲可以觀察直腸的形狀、大小，以及有無占位性病變等。

1、肛門指診：是指醫生用食指伸進患者肛門內進行觸診，通常可以檢查肛門和直腸有無炎癥、血栓、瘺管等。但是肛門指診通常不能檢查直腸，因為指診無法觸及直腸下段的病變;

2、電子結腸鏡：通常可以檢查出直腸的炎癥、息肉、腫瘤等病變，對于存在上述病變的患者，可以直接在腸鏡下取活檢，進行病理學檢查，但是電子結腸鏡通常不能檢查直腸;

3、排糞造影：通過肛門排糞造影可以檢查直腸是否存在出口梗阻的情況，以及是否存在占位性病變等。排糞造影操作比較簡單，可以在檢查時對直腸、肛門進行清潔灌腸，有助于檢查直腸功能;

4、CT：CT檢查可以檢查直腸的整體情況，如果存在直腸息肉等情況，可以直接在腸鏡下進行切除。

此外，核磁共振也可以應用于直腸檢查，但其主要用于檢查直腸內的腫瘤。因為核磁共振觀察的范圍較廣，可以觀察全直腸的情況，對于存在腫瘤或者炎癥性的病變，通常可以較為清晰地進行判斷。