食管內鏡超聲檢查痛苦，主要原因為檢查時胃鏡經口腔進入食管，患者會出現惡心、嘔吐等癥狀。此外，如果患者配合度較差、檢查方式不當，也會出現痛苦的情況。

1、胃鏡經口腔進入：患者經口腔進入食管時，會刺激舌根及咽后壁，出現惡心、嘔吐等癥狀。如果患者配合度較差，不能完全暴露食管，或患者存在進食過多、過快等情況時，可能會導致食管擴張，或由于食物滯留于食管內，導致患者出現惡心、嘔吐、反酸、燒心等癥狀，從而產生痛苦，此時可以提前口服局麻藥物進行麻醉，可以減輕患者的不適感;

2、經食管超聲檢查：經食管超聲檢查是從患者的食管入口進行超聲掃描，可以觀察到整個食管，相對比較清晰。患者進行經食管超聲檢查時，可能會出現一定的不適感，但一般可以忍受;

3、胃鏡檢查：如果患者不愿意經口腔或者經食管超聲檢查，也可以通過胃鏡進行檢查。胃鏡檢查時會將一根柔軟的可視導管通過口腔伸入胃中，醫生可以觀察食管、胃、十二指腸球部和降部黏膜的情況，還可以取組織做活檢、息肉摘除術等，此時進行麻醉會出現痛苦感，但可以選擇局部麻醉;

4、其他方面：如果患者對于疼痛較為敏感時，可以在檢查前使用鎮靜類藥物，如地西泮等，使其保持安靜，從而緩解檢查時的不適感。

在進行食管內鏡超聲檢查前，患者需要適當飲水，使胃腸道保持充盈狀態。在檢查過程中，如果發現病變還需要取活檢時，應提前安撫患者情緒，避免過于緊張。