對醫療器械進行消毒滅菌是非常重要的環節，能夠有效預防醫院感染率，特別是與人體組織、器官、腔道、粘膜、非完好皮膚接觸的醫療器械，更加需要注意消毒滅菌，否則會有極高的感染風險。

醫療器械常見的消毒滅菌方式有5種：高溫蒸汽滅菌、過氧化氫等離子滅菌、環氧乙烷滅菌、電離輻射滅菌和干熱滅菌。

一、高溫蒸汽滅菌

一般通過132℃~135℃，持續3~4分鐘的滅菌方式來是微生物中的酶和蛋白質不可逆凝固及變性，從而達到滅菌效果。一般是處理水、藥劑和管制醫療廢物等物品的。

二、過氧化氫等離子滅菌

這種滅菌方法是通過破壞細胞的蛋白質、酶與核酸來達到滅菌效果的，一般用于不耐熱、不耐濕的醫療用品。

三、環氧乙烷滅菌

這種滅菌方法是通過讓細菌的蛋白質、DNA、RNA烷基化，不可逆地阻止正常的細胞代謝和復制來達到滅菌效果的。一般用于不耐濕、不耐熱的高危險度或中危險醫療產品。

四、電離輻射滅菌

這種滅菌方法是以放射性同位素鈷60放射的γ作為滅菌分子，誘導細胞產生自由基，從而破壞其正常代謝，進而對微生物進行滅活，是常見的低溫滅菌法。

五、干熱滅菌

這種通過細胞組分的高溫氧化作用致細菌死亡。一般用于不耐濕熱或不能被濕熱穿透的粉劑滅菌。

除了這5種常見的滅菌方式，還有其他比較特殊的消毒滅菌方法，例如超聲探頭的滅菌，一般醫院每天的超聲檢查頻率是很高的，一方面沒有足夠的時間進行其上這幾種消毒滅菌方式，另一方面常規的消毒滅菌方式也可能會對超聲探頭造成損傷。由于超聲檢查時需要使用到醫用耦合劑，所以一般會使用消毒耦合劑對超聲探頭進行消毒滅菌，既能起到導聲作用，又能有效地殺滅金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、白色念珠菌和銅綠色單胞菌等有害菌落，防止院感事件發生。